Kolekcja sztuki Czartoryskich zawiera pamiątki po wybitnych Polakach, takich jak Jan III Sobieski, Tadeusz Kościuszko i książę Józef Poniatowski, liczne dzieła sztuki i wyroby rzemiosła artystycznego. Kojarzy się ją jednak przede wszystkim ze słynnym obrazem Leonarda da Vinci: „Dama z gronostajem”. Do muzeum należą dziś gmach przy ulicy św. Jana połączony charakterystyczną przewiązką z dawnym klasztorem oo. Pijarów oraz dawny Arsenał Miejski.
W budynku Arsenału Miejskiego prezentowana jest galeria sztuki starożytnej.